Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования | Sciact - CRIS-система Института катализа

Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования Научная публикация

Журнал

Журнал структурной химии
ISSN: 0136-7463

Вых. Данные

Год: 2025, Том: 66, Номер: 5, Номер статьи : 144161, Страниц : 13 DOI: 10.26902/jsc_id144161

Ключевые слова

прогнозирование трехмерных структур белков, поли(АДФ-рибоза)-полимераза 1, PARP1, AlphaFold2, RoseTTAFold, I-TASSER, IntFOLD5, молекулярная динамика, го-мологичное конструирование

Авторы

Мустаев Е.А. ^1,2 , Хамитов Э.М. ³

Организации

1	Новосибирский государственный университет, Россия
2	ЦКП «СКИФ», Институт катализа им. Г.К. Борескова СО РАН, Кольцово, Россия
3	Уфимский институт химии УФИЦ РАН, Уфа, Россия

Методами вычислительной химии впервые получили и охарактеризовали полноатомную модель структуры фермента поли(АДФ-рибоза)-полимеразы 1 (PARP1). Прогнозирование структуры фермента проводилось с использованием известных инструментов и опорой на методы машинного обучения и гомологического конструирования. Положение атомов Cα аминокислотных остатков в предсказанных структурах сравнивалось с геометрическими параметрами доменов фермента, расшифрованных ранее экспериментальными методами, описанных в научной литературе и депонированных в Protein Data Bank. Результат работы позволяет обосновано выбрать подходящий инструмент прогнозирования, а также применять геометрические параметры PARP1 для конструирования димерных форм фермента и разработки новых ингибиторов PARP1.

Мустаев Е.А. , Хамитов Э.М.
Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования
Журнал структурной химии. 2025. Т.66. №5. 144161 :1-13. DOI: 10.26902/jsc_id144161 OpenAlex СКИФ ID

Поступила в редакцию:	22 окт. 2024 г.
Принята к публикации:	15 янв. 2025 г.

OpenAlex:	W4406456899
СКИФ ID:	3960

Пока нет цитирований