Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования | Sciact - CRIS-system of Boreskov Institute of Catalysis

Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования Full article

Journal

Журнал структурной химии
ISSN: 0136-7463

Output data

Year: 2025, Volume: 66, Number: 5, Article number : 144161, Pages count : 13 DOI: 10.26902/jsc_id144161

Tags

прогнозирование трехмерных структур белков, поли(АДФ-рибоза)-полимераза 1, PARP1, AlphaFold2, RoseTTAFold, I-TASSER, IntFOLD5, молекулярная динамика, го-мологичное конструирование

Authors

Мустаев Е.А. ^1,2 , Хамитов Э.М. ³

Affiliations

1	Новосибирский государственный университет, Россия
2	ЦКП «СКИФ», Институт катализа им. Г.К. Борескова СО РАН, Кольцово, Россия
3	Уфимский институт химии УФИЦ РАН, Уфа, Россия

Funding (2)

1	Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation	FWUR-2024-0040
2	Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation	FMRS-2023-0019 (123011300044-5)(075-01134-23-00)

Методами вычислительной химии впервые получили и охарактеризовали полноатомную модель структуры фермента поли(АДФ-рибоза)-полимеразы 1 (PARP1). Прогнозирование структуры фермента проводилось с использованием известных инструментов и опорой на методы машинного обучения и гомологического конструирования. Положение атомов Cα аминокислотных остатков в предсказанных структурах сравнивалось с геометрическими параметрами доменов фермента, расшифрованных ранее экспериментальными методами, описанных в научной литературе и депонированных в Protein Data Bank. Результат работы позволяет обосновано выбрать подходящий инструмент прогнозирования, а также применять геометрические параметры PARP1 для конструирования димерных форм фермента и разработки новых ингибиторов PARP1.

Мустаев Е.А. , Хамитов Э.М.
Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования
Журнал структурной химии. 2025. Т.66. №5. 144161 :1-13. DOI: 10.26902/jsc_id144161 OpenAlex publication_identifier_short.sciact_skif_identifier_type

Submitted:	Oct 22, 2024
Accepted:	Jan 15, 2025

OpenAlex:	W4406456899
publication_identifier.sciact_skif_identifier_type:	3960

Пока нет цитирований