Abstract: Для определения трехмерной структуры белков и комплексов белок–лиганд применяют методы белковой кристаллографии. Для осаждения белка и получения комплекса при кристаллизации в раствор добавляют дополнительные вещества, в том числе сорастворители. Однако наличие последних может повлиять на структуру белка и/или комплекса, в таком случае результат рентгеновской дифракции будет заметно отличаться от структуры комплекса в воде и в физиологических условиях. В настоящем исследовании мы проверяем наличие такого влияния на примере димера основной протеазы SARS-Cov-2 и лиганда, обладающего активностью против SARS-CoV-2. Проведено МД моделирование комплекса в воде, а также в 5%-ом и 10%-ом растворах ДМСО и диоксана в воде. Показано, что изменение среды не сказывается на структуре димера протеазы, однако существенно влияет на взаимодействии белка с лигандом. Положения устойчивого связывания лиганда зависят от выбора среды, в которой располагается комплекс. Таким образом, при работе с данными белковой кристаллографии необходимо проявлять осторожность: результаты, полученные в одной среде, не обязательно будут верны для таковой с отличающимся составом.

Cite: Ведькал А.В. , Кадцын Е.Д.
Влияет ли состав окружающего раствора на структуру и стабильность комплекса белка с лигандом? Молекулярно-динамическое исследование
Журнал структурной химии. 2025. Т.66. №9. 152473 :1-18. DOI: 10.26902/JSC_id152473 РИНЦ publication_identifier_short.sciact_skif_identifier_type

Translated: Vedkal A.V. , Kadtsyn E.D.
Does the Composition of the Surrounding Solution Affect the Structure and Stability of the Protein Complex with a Ligand? A Molecular Dynamics Study
Journal of Structural Chemistry. 2025. V.66. N9. P.1959–1976. DOI: 10.1134/S0022476625090185 WOS Scopus

Dates:

Submitted:	Mar 4, 2025
Accepted:	Jul 1, 2025
Published print:	Sep 29, 2025

Identifiers:

Elibrary:	82936764
publication_identifier.sciact_skif_identifier_type:	4163

Citing: Пока нет цитирований

Altmetrics: