Predicting the PARP1 Tertiary Structure by Molecular Modeling Methods Научная публикация
| Журнал |
Journal of Structural Chemistry
ISSN: 0022-4766 , E-ISSN: 1573-8779 |
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Вых. Данные | Год: 2025, Том: 66, Номер: 5, Страницы: 898–910 Страниц : 13 DOI: 10.1134/S0022476625050038 | ||||||
| Ключевые слова | 3D protein structure prediction; poly(ADP-ribose)-polymerase 1; PARP1, AlphaFold2, RoseTTAFold; I-TASSER; IntFOLD5, molecular dynamics; homologous construction | ||||||
| Авторы |
|
||||||
| Организации |
|
Информация о финансировании (2)
| 1 | Министерство науки и высшего образования Российской Федерации (с 15 мая 2018) | FWUR-2024-0040 |
| 2 | Министерство науки и высшего образования Российской Федерации (с 15 мая 2018) | FMRS-2023-0019 (123011300044-5)(075-01134-23-00) |
Реферат:
A full-length tertiary structure of the poly(ADP-ribose)-polymerase 1 (PARP1) enzyme is dynamically predicted by molecular modeling methods. The prediction is performed using known tools as well as machine learning and homology construction methods. Positions of the Cα atoms of amino acid residues in the predicted structures are compared with experimentally determined geometric parameters of enzyme domains reported earlier in scientific literature and deposited to the Protein Data Bank. The obtained results can be used to make a rational choice of an appropriate prediction tool and to apply the PARP1 geometric parameters to construct dimeric forms of this enzyme and develop novel PARP1 inhibitors.
Библиографическая ссылка:
Mustaev E.A.
, Khamitov E.M.
Predicting the PARP1 Tertiary Structure by Molecular Modeling Methods
Journal of Structural Chemistry. 2025. V.66. N5. P.898–910. DOI: 10.1134/S0022476625050038 WOS Scopus
Predicting the PARP1 Tertiary Structure by Molecular Modeling Methods
Journal of Structural Chemistry. 2025. V.66. N5. P.898–910. DOI: 10.1134/S0022476625050038 WOS Scopus
Оригинальная:
Мустаев Е.А.
, Хамитов Э.М.
Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования
Журнал структурной химии. 2025. Т.66. №5. 144161 :1-13. DOI: 10.26902/jsc_id144161 OpenAlex СКИФ ID
Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования
Журнал структурной химии. 2025. Т.66. №5. 144161 :1-13. DOI: 10.26902/jsc_id144161 OpenAlex СКИФ ID
Даты:
| Поступила в редакцию: | 22 окт. 2024 г. |
| Принята к публикации: | 15 янв. 2025 г. |
| Опубликована в печати: | 1 мая 2025 г. |
| Опубликована online: | 2 июн. 2025 г. |
Идентификаторы БД:
| Web of science: | WOS:001501339500020 |
| Scopus: | 2-s2.0-105007019638 |